医药分开的另外一个环节，则是医院药房管理社会化的探索。目前来看，包括深圳市等相关领导已明确，今后要“逐步打破医院药房垄断现象”；上海的方案在激烈讨论中已有多家医院边行边试；南京、北京、四川等省市同样有试点在开展。医院门诊药房社会化的趋势随着医药分开的步子正在迈开。

　　医院药房剥离后，药师事务管理成为另一个备受关注的问题。上述南京医院院长提出，当前的医药分开，尤其是药房社会化等，需要重视临床药师和其他药师的安置问题，特别是三级大医院的优质药师的管理问题。这包括药师行政事业职务归属的转变，薪酬绩效的考核，以及药学临床教学和科研等方面的开展。

　　而在用药领域，秦环龙也指出，比如门诊看病后，患者到社会药房处方购药过程中发生的意外，以及自购药在药房中使用发生的不良反应，这一系列问题的责任承担都需要进一步明确。从学术角度看，医生看病和用药是不可分离的，药师的作用也只有在药品使用的过程中才能体现其价值，目前国内大医院的药师基本都是需要非常专业的培训，并且经过很长时间的实践才能胜任。在医药分开的过程中，如果药师的地位或者待遇被削弱，则会给医院用药管理带来诸多问题。