2001年，上海率先在国内建成城镇职工基本医疗保险制度，当年，医保基金的支出增幅就超过30%，医保部门的控费压力骤然增加。此后，从2002年到2007年，上海医保统筹账户连年收不抵支，5年中，医保缺口累计已达20亿元。

　　上海市较早在2002年启动总额预付的试点。但大规模推广是在2009年，当时上海市先在社区卫生服务中心全部实现医保总额预付，不久又将试点范围扩大到仁济医院、华山医院、上海领先人民医院这3家三级医院，2010年试点范围又进一步扩大到10家三级医院和该市全部公立二级医院；2011年，上海全市的全部三级医院均被纳入总额预付试点。

　　在上海版的总额预付模式中，“总额预算、按月预付、结余自留、风险分担”被确定为四项基本原则。上海版总额支付制度较显著的特点是“双总控”机制。该模式的控制手段之一是，医疗机构对超额部分承担比例的加大，前者的分担比例从初始的10%逐步提高至40%。经测算，分担比例提至四成后，医院冒险超支就能基本被遏制。同时，医保部门在控制总费用的基础上，增设了药品费用增速控制指标，医院药品费用原则上控制比上年增加7%左右，超过部分不予支付。

　　2010年上海全市33家三级医院的医疗总费用为331亿元，同比增长15%，增幅同比去年放缓了三分之一。由此，该市十年来医保费用快速上升的势头也首次得到了遏制。截至今年上半年，上海总额预付试点医院申报的医保费用，占定点医疗机构总费用的比重，已上升到四成左右，总额预付制度已经成为上海医保支付方式的主体。

　　医保基金缺口现象并非上海独有。2012年8月初，广州市人力资源和社会保障局对外公布，随着医保待遇标准的不断调高以及医疗消费需求的增加，广州市的医保基金支付压力不断增大，2009年，广州市医保基金首次出现缺口，2010年，这一缺口达1.3亿元。

　　目前，北京市尚未传出医保基金出现缺口的消息，不过，蒋继元透露，2010年和2011年，北京市医保基金支出的增幅都超过了35%，从长远来看，北京市的医保基金面临的控费压力巨大。2011年下半年开始，北京开始在友谊医院、同仁医院等4家医院开展总额预付试点。不过，与上海不同，到了2011年底，北京4家医院均出现了超额现象。北京同仁医院院长伍冀湘在9月初告诉《中国新闻周刊》，2011年，该院启动了总额预付，总额预付的费用占同仁医院收入的三分之一。2011年北京同仁医院超额额度在4家医院中排第三，超额700多万，超额幅度在4.3%左右。